Como o filho caçula do mestre do clã Shimada, a criação de Genji foi fortemente influenciada pela arte do manejo de espadas. Treinado pela espadachim Asa Yamagami, ele acabou fazendo amizade com sua filha pequena, Kiriko. Apesar de gostar e ser excelente em seu treino de ninja, Genji tinha pouco interesse nos negócios ilegais da família e passava a maior parte do tempo curtindo uma vida de playboy. Muitos no clã consideravam o estilo de vida de Genji um perigo e se ressentiam de seu pai por protegê-lo. Com a morte do líder do clã, o irmão mais velho de Genji, Hanzo, exigiu que o caçula tivesse um papel mais ativo no império do falecido pai. Genji se recusou, enfurecendo Hanzo. A tensão entre os irmãos acabou em um confronto violento que deixou Genji à beira da morte.

Hanzo acreditou que tinha matado seu irmão, mas Genji foi resgatado pela Overwatch e a intervenção da Dra. Angela Ziegler. A força de segurança global via Genji como um possível recurso em suas operações para deter o clã Shimada. Como os ferimentos de Genji o deixaram à beira da morte, a Overwatch se ofereceu para reconstruir seu corpo em troca de ajuda. Ele passou por um longo processo de cibernetização, o que aumentou sua velocidade e agilidade naturais e potencializou suas habilidades ninja.

Transformado em uma arma viva, Genji se juntou à Blackwatch e tomou como seu dever desmantelar o império criminoso da família. Quando enfi, concluiu sua missão, partiu para tarefas mais complexas e até participou do infame Incidente de Veneza, que levou à exposição pública da Blackwatch e à suspensão da equipe.

No entanto, Genji não ficou afastado por muito tempo. A liderança da Overwatch o incentivou a continuar com o treinamento de agente para se juntar à equipe de ataque maior de Overwatch, e ele se formou junto de Tracer e Winston. Seu trabalho tanto em Havana quanto em Singapura levou Genji e seus colegas de esquadrão a prender Doomfist, então o número um na lista dos mais procurados da agência. Mas, quando a Overwatch caiu em desgraça, Genji sentiu um conflito interno cada vez maior — tudo o que havia acontecido entre aquela fatídica noite em Hanamura e sua vida como agente da Overwatch. Pela segunda vez, ele abandonou a vida pregressa e vagou pelo mundo em busca de sentido. Passou vários anos à deriva antes de cruzar com o monge ômnico Zenyatta. Com o tempo, Zenyatta tornou-se seu mentor, e, sob a tutela do monge, ele passou a ver tanto suas experiências quanto sua forma cibernética como uma força única, uma espécie de dom.

Os irmãos Shimada ainda se encontrariam mais uma vez no aniversário da morte de Genji. Em seu antigo lar, o Castelo Shimada, que há muito havia sido conquistado pelo clã Hashimoto, Genji revelou ao irmão que havia sobrevivido ao fatídico encontro. Ele deixou claro a Hanzo que o havia perdoado, mas que o irmão deveria trilhar o próprio caminho do se perdoar. Agora mestre de seu próprio destino, Genji decide emprestar suas habilidades à Overwatch mais uma vez, voltando para ajudar um mundo em crise junto aos seus antigos camaradas e qualquer um que se juntasse à sua causa.