Jako najmłodszy syn mistrza klanu Shimada, Genji uczył się sztuki władania mieczem. Szkoliła go Asa Yamagami, a on sam zaprzyjaźnił się z jej córką, Kiriko. Młodzieniec nie interesował się zbytnio nielegalnymi interesami klanu, a choć świetnie sobie radził podczas ulubionych lekcji ninjutsu, przez większość czasu prowadził życie playboya. Wielu członków jego klanu uważało, że beztroski Genji jest niebezpiecznym obciążeniem dla rodziny, a ojciec za bardzo mu pobłaża i niepotrzebnie go chroni. Po śmierci głowy klanu starszy brat, Hanzo, zażądał, żeby Genji zaczął się bardziej angażować w kierowanie imperium Shimada. Młodzieniec odmówił, co rozzłościło pierworodnego potomka rodu. Napięcia między braćmi doprowadziły do gwałtownej konfrontacji, którą Genji nieomal przypłacił życiem.

Hanzo sądził, że zabił brata, jednak Genji przeżył dzięki interwencji Overwatch i doktor Angeli Ziegler. Dla tej globalnej organizacji obronnej był dobrym kandydatem na agenta, zwłaszcza w świetle prowadzonych działań przeciwko klanowi Shimada. Ciężko ranny Genji był na granicy śmierci, więc Overwatch zaproponowało mu odtworzenie ciała w zamian za pomoc. Genji przeszedł serię operacji zastępujących części jego ciała cybernetycznymi implantami, które zwiększyły szybkość i zwinność oraz poprawiły już i tak doskonałe umiejętności wojownika ninja.

Genji stał się żywą machiną bojową w szeregach Blackwatch, a jego naczelnym celem stało się rozbicie przestępczego imperium swojej rodziny. Po zakończeniu tej misji przeszedł do bardziej złożonych obowiązków, a nawet wziął udział w osławionym Incydencie Weneckim, który doprowadził do publicznego ujawnienia Blackwatch i zawieszenia drużyny.

Genji nie został jednak odsunięty na długo. Kierownictwo Overwatch zachęciło go do kontynuowania szkolenia na agenta większej grupy szturmowej Overwatch, które ukończył wraz ze Smugą i Winstonem. Jego wysiłki zarówno w Hawanie, jak i Singapurze doprowadziły Genjiego i jego przyjaciół z oddziału do pojmania Pięści Zagłady, wówczas najważniejszego nazwiska na liście poszukiwanych przez Overwatch. Jednak gdy organizacja popadła w niełaskę, Genji czuł się coraz bardziej skonfliktowany ze sobą i ze wszystkim, co wydarzyło się między fatalną nocą w Hanamurze a jego karierą jako agenta Overwatch. Po raz drugi porzucił dawne życie i zaczął wędrować po świecie w poszukiwaniu sensu. Błądził przez wiele lat, zanim spotkał omnicznego mnicha Zenyattę, który z czasem został mentorem młodego wojownika. Pod czujnym okiem mistrza Genji zaczął postrzegać swoje doświadczenia i cybernetyczne ciało jako dar i wyjątkową siłę.

Bracia Shimada spotkali się ponownie w rocznicę domniemanej śmierci Genjiego. W ich dawnym domu, zamku Shimada, który został przejęty przez klan Hashimoto, młodszy brat ujawnił, jak przeżył fatalne starcie z Hanzo. Zapewnił starszego brata, że mu wybaczył, ale Hanzo powinien też wybaczyć sobie. Genji już jako pan samego siebie zdecydował się ponownie użyczyć własnych umiejętności Overwatch i powrócić, aby pomóc światu w kryzysie wraz ze swoimi dawnymi towarzyszami i wszystkimi, którzy przyłączą się do ich sprawy.