東京――オムニックに自意識を与え、世界中に平和をもたらした「目覚め」を経てなお、人間とオムニックの抗争がさらなる広がりを見せたこの地域にて、シオンは自我に目覚めた。聞こえるのは悲鳴と銃声、周囲を支配するのは恐怖と混乱…抗争の犠牲者の山から這い出した彼女を待ち受けていたのは、死と隣り合わせの世界だった。

生き延びるための方法を他に知らず、出会う者すべてを殺めながら路上をさまよう日々。しかし、地元の暴力団が「裁き」と称して街中のオムニックを狩る動きが活発化していたこともあり、シオンは数週間の放浪の末、彼ら自警団――後にハシモト組となる犯罪組織の人間たち――に打ち負かされ、捕らえられてしまう。

拘束後、その精密な動きと予測不能な閃きに価値を見出されたシオンは、命を取られることこそなかったものの、ハシモト組に組員訓練用の“木偶”へと仕立てられ、組員とのスパーリングを何度も強いられた。組織全体の戦闘力を磨き上げ、東京最強の座を勝ち取るための、オムニックを用いた実践的訓練――それはシオンにとってひたすら続く拷問でしかなかったが、外界からほとんど遮断された環境下で繰り返されるそれらを重ねていくうちに、彼女の中から組織への恐怖は消え去り、彼らから受ける暴力も、安心感さえ覚えるほど日常に染みついていった。

ついにはその自己認識も“オムニック”から“人ならざるもの”へと変わっていったが、そんな中でもシオンの自由への渇望と組織への復讐心は、日を追うごとに強まっていった。外の世界に自分の生きる意味がある――そう信じた彼女は訓練相手の弱点や隙を密かに学習し、報復の時を虎視眈々と狙った。

好機はシオンを捕らえた人間たちの幹部就任とともに訪れた。彼女に信頼を置き始め、警戒を解いた彼らの隙を突く形でシオンは組の拘束を逃れると、組織の人間を次から次へと始末。ついには幹部4人全員に報復を果たす。この復讐劇に飽き足らず、シオンは組の主導権を瞬く間に握ると、幹部の枠をさらに1つ設けてその座に就任。残りの空席を自身の側に付くチャンスとして組員に用意し、彼らを狂犬のごとく争わせることで、自身の地位を盤石にした。

手にした富でボディを改造し、恐怖を植え付けるためのマスクをこしらえ、人間にもオムニックにも属さない己が己のために作り上げた世界の主となったシオンは現在、その“成り上がり”と嗜虐的な性格で広く恐れられている。ファッション、愛人、カスタム・バイクなど、それまで触れたことのなかった享楽へと存分に耽る一方、組の手で監禁中の鍛冶師、山神敏郎に特別な力を宿した二丁拳銃を作らせるなど、権力の誇示にも隙がない。そんな彼女の次なる一手はタロンとの提携。強力な銃とヴェンデッタの後ろ盾を得たシオンの東京掌握は、もう目前まで迫っている——。