ゲンジはシマダ一族頭領の次男として剣の腕を磨いてきた。剣豪、アサ・ヤマガミに師事し、彼女の幼い娘、キリコと友情を築く。ゲンジは忍術に優れ、訓練も嫌いではなかったが、一族の闇稼業には興味を示すことなく、女遊びにうつつをぬかし、勝手気ままな暮らしを送っていた。そんなゲンジがいずれ害になると考えた一族の者たちは、彼を甘やかす頭領を責めた。そして時が流れ、頭領がこの世を去った。父亡き今こそ、一族の為さらなる貢献を求める兄、ハンゾーに対してゲンジは怒りをあらわにし、やがて血みどろの決闘へ発展、ゲンジは敗れ死の淵をさまよう。

弟を手にかけた…少なくともハンゾーはそう考えていた。しかし、オーバーウォッチとアンジェラ・ジーグラー博士により、ゲンジは一命を取り留める。シマダ一族との戦いを続けていたオーバーウォッチは、ゲンジの中にひとつの可能性を見出していた。彼らは生死の境にあったゲンジに、協力と引き換えに肉体の再生を提案する。提案を受け入れたゲンジはサイボーグ化手術を受け、身体能力にはさらに磨きがかかり、数々の忍術もより強力なものになった。

生きる兵器と化したゲンジは、ブラックウォッチに加入し一族の犯罪帝国を壊滅させるため精力的に任務に打ち込み、やがて成功させる。その後もゲンジは、裏の任務に多く関わるようになっていく。ブラックウォッチを白日の下に晒し、活動が停止されるきっかけとなったかの有名な「ヴェネツィア事件」にも携わっている。

しかし、ゲンジが前線を離れたのはほんのわずかな時間だった。オーバーウォッチの上層部が表のストライク・チームになるための訓練を受けるよう勧めたのである。彼はトレーサーとウィンストンとともにエージェント養成所を卒業。ハバナとシンガポールでの活躍を経て、ゲンジと仲間の隊員たちはオーバーウォッチの最重要指名手配犯、ドゥームフィストの身柄を確保する。しかし、オーバーウォッチの失墜とともにゲンジは心の中に大きな葛藤を抱えていることに気づく。あの夜、ハナムラで起きた全てとオーバーウォッチ・エージェントとしての生活…彼は再びそれまでの人生を捨て、生きる意味を求めて世界をさまよいはじめた。そうして何年も旅を続け、オムニックの僧侶ゼニヤッタと出会うのである。やがてゼニヤッタはゲンジの師となる。彼の指導の下、ゲンジは今までの経験とサイボーグ化した肉体を天からの賜わり物と考え、自分だけの強さがあると信じられるようになった。

シマダ兄弟は、ゲンジの命日に再会を果たす。運命的な再会の舞台となったのは、2人がかつて暮らし、その後ハシモト組に乗っ取られていたシマダ城だった。長い時を経て、ゲンジがあの夜を生き延びていたことがようやく明かされた。ゲンジは兄を許したこと、そしてハンゾーが己を許すための旅路を歩まねばならないことを伝えた。自らの運命の手綱を握ったゲンジは、再びオーバーウォッチで戦うことを選ぶ。危機に瀕する世界を救うため、かつての仲間をはじめとする同志とともに前線へと舞い戻ったのである。