Figlio più giovane del capo del clan ninja Shimada, Genji crebbe imparando l'arte della spada. Fu addestrato dalla maestra di spada Asa Yamagami, la cui giovane figlia Kiriko divenne sua amica. Benché eccellesse nella disciplina dei ninja, si disinteressò degli affari illegali di famiglia, indugiando per la maggior parte del tempo nella sua vita da playboy. Molti, all'interno del clan, consideravano lo spensierato Genji un pericoloso ostacolo, disapprovando la continua protezione da parte del padre. Quando il capoclan morì, il fratello più anziano, Hanzo, pretese che Genji assumesse un ruolo più attivo nell'impero del padre. Genji rifiutò, facendo infuriare Hanzo. La tensione tra i due fratelli portò a un violento scontro, che lasciò Genji in bilico tra la vita e la morte.

Hanzo pensò di aver ucciso suo fratello, ma Genji venne salvato da Overwatch e dall'intervento della dottoressa Angela Ziegler. La forza di sicurezza globale vide in Genji un potenziale alleato nella propria lotta contro il clan Shimada. Overwatch gli offrì la salvezza e la ricostruzione del suo corpo in cambio del suo aiuto. Genji venne quindi sottoposto a un lungo processo di innesti cibernetici che amplificò la sua agilità e velocità naturali, potenziando le sue già superlative abilità ninja.

Trasformato in un'arma vivente, Genji si unì a Blackwatch e dedicò anima e corpo alla distruzione dell'impero criminale della sua famiglia. Quando la missione fu conclusa, passò a svolgere mansioni più complesse e prese persino parte al noto incidente di Venezia, che portò all'esposizione pubblica di Blackwatch e alla sospensione della squadra.

Genji, tuttavia, non rimase in disparte a lungo. I piani alti di Overwatch lo incoraggiarono a continuare con l'addestramento da agente per la squadra d'assalto maggiore, portandolo a diplomarsi assieme a Tracer e Winston. Le operazioni a L'Avana e a Singapore portarono Genji e i suoi compagni di squadra a catturare con successo Doomfist, allora il bersaglio più ricercato dell'elenco di Overwatch. Ma quando Overwatch cadde in disgrazia, Genji si sentì sempre più combattuto, tra tutto quello che aveva vissuto quella fatidica notte a Hanamura e la sua vita da agente di Overwatch. Per la seconda volta, decise di mollare la sua vecchia vita e viaggiare per il mondo in cerca di uno scopo. Vagò per molti anni prima di incontrare un monaco Omnic, Zenyatta. Col tempo, Zenyatta divenne suo mentore. Sotto la tutela del monaco, Genji imparò a vedere le sue esperienze e la sua forma cibernetica come un dono e una capacità unica.

I fratelli Shimada si scontrarono nuovamente il giorno dell'anniversario della morte di Genji. Nella loro vecchia dimora, il castello degli Shimada, che nel frattempo era stata occupata dal clan Hashimoto, Genji rivelò di essere sopravvissuto a quel fatidico giorno. Genji fece sapere a suo fratello maggiore di averlo perdonato, ma gli disse anche che avrebbe dovuto percorrere la via del perdono per conto suo. Divenuto padrone del suo destino, Genji ha scelto di prestare nuovamente servizio presso Overwatch, di ritorno per aiutare un mondo in crisi assieme ai suoi vecchi compagni e a chiunque si unirà alla loro causa.