Como el hijo menor del maestro del clan Shimada, Genji fue educado en el arte de la espada. Se entrenó con la espadachina Asa Yamagami y entabló amistad con su joven hija Kiriko. Aunque se destacaba y disfrutaba de su entrenamiento ninja, Genji tenía poco interés en los negocios ilegales de la familia y pasaba la mayor parte de su tiempo llevando un estilo de vida de playboy. Muchos dentro del clan consideraban que el despreocupado Genji era un inconveniente peligroso, y estaban resentidos con su padre por mimarlo y protegerlo. Después de la muerte prematura del líder del clan, el hermano mayor de Genji, Hanzo, exigió que Genji asumiera un rol más activo en el imperio de su difunto padre. Genji se negó, enfureciendo a Hanzo. La tensión entre los hermanos fue creciendo hasta llegar a un violento enfrentamiento que dejó a Genji al borde de la muerte.

Hanzo creyó que había matado a su hermano, pero Genji fue rescatado por Overwatch y la intervención de la Dra. Angela Ziegler. La fuerza de seguridad global vio a Genji como un recurso potencial en sus operaciones para combatir al clan Shimada. Como las heridas de Genji lo habían dejado al borde de la muerte, Overwatch se ofreció a reconstruir su cuerpo a cambio de su ayuda. Fue sometido a un proceso extenso de alteración cibernética, que mejoró su velocidad y agilidad naturales y aumentó sus extraordinarias habilidades ninja.

Transformado en un arma viviente, Genji se unió a Blackwatch y se dedicó a la tarea de desmantelar el imperio criminal de su familia. Una vez finalizada esta misión, pasó a desempeñar funciones más complejas e incluso participó en el famoso incidente de Venecia, que llevó a la exposición pública de Blackwatch y a la suspensión del equipo.

Sin embargo, Genji no quedó marginado por mucho tiempo. La dirección de Overwatch animó a Genji a continuar con el entrenamiento de agentes para el equipo de asalto más grande de Overwatch, y se graduó junto a Tracer y Winston. Sus esfuerzos, tanto en La Habana como en Singapur, llevaron a Genji y a sus compañeros de escuadrón a capturar con éxito a Doomfist, que en aquel momento era el nombre más importante de la lista de los más buscados de Overwatch. Pero cuando Overwatch cayó en desgracia, Genji empezó a sentirse cada vez más en guerra consigo mismo, con todo lo que había ocurrido entre aquella fatídica noche en Hanamura y su vida como agente de Overwatch. Por segunda vez, abandonó su vida anterior y vagó por el mundo en busca de sentido. Durante muchos años anduvo a la deriva hasta que se cruzó con el monje ómnico Zenyatta. Con el tiempo, Zenyatta se convirtió en su mentor, y bajo la tutela del monje, Genji llegó a ver tanto sus experiencias como su forma cibernética como un don y una fortaleza única.

Los hermanos Shimada se encontraron una vez más en el aniversario de la muerte de Genji. En su antiguo hogar, el castillo Shimada, que había pasado a manos del clan Hashimoto, Genji reveló que había sobrevivido a su fatídico encuentro. Genji le dijo a su hermano mayor que lo había perdonado, pero que Hanzo debía emprender el camino de perdonarse a sí mismo. Genji, ahora dueño de su propio destino, decide volver a poner sus habilidades al servicio de Overwatch para ayudar a un mundo en crisis junto a sus antiguos camaradas y a cualquiera que se una a su causa.