Genji, al tratarse del hijo más pequeño del clan Shimada, fue instruido en el arte de la espada. Su mentora fue Asa Yamagami, lo que le permitió hacerse amigo de su hija Kiriko. Aunque era brillante y disfrutaba del entrenamiento ninja, a Genji no le interesaban los negocios ilegales de la familia y se pasaba la mayor parte del tiempo como un auténtico vividor. Muchos miembros del clan pensaban que la personalidad despreocupada de Genji podía ser un lastre peligroso, y estaban molestos con su padre por consentirlo y protegerlo. Tras la muerte del líder del clan, no obstante, Hanzo, el hermano mayor de Genji, le exigió un papel más activo en el imperio de su aciago padre. Genji se negó y Hanzo encolerizó. La tensión fraternal fue creciendo hasta desembocar en un enfrentamiento violento que dejó a Genji al borde de la muerte.

Hanzo creía que había matado a su hermano, pero Overwatch rescató a Genji con la intervención de la doctora Angela Ziegler. La fuerza de seguridad internacional vio en Genji la oportunidad de combatir al clan Shimada. Puesto que las heridas de Genji lo dejaron al borde de la muerte, Overwatch se ofreció a reconstruirle el cuerpo a cambio de su ayuda. El proceso consistió en una extensa cibernetización, lo cual potenció su velocidad y agilidad innatas, e incrementó sus impresionantes cualidades como ninja.

Genji, convertido en arma viviente, pasó a formar parte de Blackwatch y se centró en derrocar al imperio del crimen de su familia. Cuando completó la misión, pasó a otras tareas más relevantes e incluso participó en el conocido «Incidente de Venecia», que dejó en entredicho públicamente a Blackwatch y provocó la suspensión del equipo.

Sin embargo, Genji no estuvo demasiado tiempo a la sombra. Los líderes de Overwatch lo animaron a seguir con el entrenamiento como agente para el equipo de asalto de Overwatch, más grande, y se graduó con Tracer y Winston. El gran trabajo de Genji y sus compañeros en La Habana y Singapur les permitió capturar a Doomfist, el primer nombre marcado en la lista de buscados de Overwatch. No obstante, cuando Overwatch descendió a los infiernos, el ninja se sintió en guerra consigo mismo por todo lo que había pasado aquella fatídica noche en Hanamura y por su vida como agente de Overwatch. Por segunda vez, abandonaba su vida y recorría el mundo en busca de un sino. Se pasó años dando tumbos antes de cruzarse con el monje ómnico Zenyatta. Con el tiempo, Zenyatta se convirtió en su mentor y, con su tutelaje, Genji logró vislumbrar sus experiencias y su forma cibernética como un regalo y un poder único.

Los hermanos Shimada volvieron a verse las caras en el aniversario de la «muerte» de Genji. Fue en su antiguo hogar, el castillo Shimada, que había pasado a estar en manos del clan Hashimoto. Allí, Genji le desveló a su hermano que había sobrevivido al terrible enfrentamiento y que lo perdonaba, pero Hanzo debía perdonarse antes a sí mismo. Ahora que Genji es dueño de su propio destino, decide poner sus cualidades de nuevo al servicio de Overwatch para ayudar a un mundo en plena crisis junto con sus antiguos compañeros y todo aquel que quiera sumarse a la causa.