En tant que plus jeune fils du maître du clan Shimada, Genji apprit très tôt l’art de l’épée aux côtés de la maîtresse d’escrime Asa Yamagami, et se lia d’amitié avec sa plus jeune fille, Kiriko. Les entreprises illégales de sa famille l’intéressaient peu, et malgré ses impressionnantes prédispositions révélées lors de son entraînement de ninja, il passait l’essentiel de son temps à vivre en playboy. Au sein du clan, beaucoup considéraient que l’insouciance de Genji représentait un grave risque et en voulaient à son père de le gâter et de le protéger. À la mort inattendue du chef de clan, le frère aîné de Genji, Hanzo, exigea que Genji prenne un rôle plus important dans l’empire de feu leur père. Genji refusa, à la grande colère de Hanzo. Les tensions entre les frères débouchèrent sur une confrontation violente, qui laissa Genji à l’agonie.

Hanzo pensait avoir tué son frère, mais Genji fut sauvé par Overwatch et l’intervention du Dr Angela Ziegler. L’organisation voyait en Genji un atout possible dans ses opérations en cours contre le clan Shimada. Grièvement blessé, Genji se cramponnait à la vie, et Overwatch lui proposa de rebâtir son corps en échange de son aide. Il fut soumis à un processus de cybernétisation intense, qui améliora sa rapidité et son agilité naturelles, tout en optimisant ses impressionnantes compétences de ninja.

Transformé en arme vivante, Genji rejoignit Blackwatch et se lança avec passion dans le démantèlement de l’empire criminel de sa famille. Lorsque sa mission fut accomplie, il s’orienta vers des tâches plus complexes, allant jusqu’à participer au célèbre épisode vénitien, qui mena à l’exposition publique de Blackwatch et à la suspension de l’équipe.

Mais Genji ne resta pas sur la touche très longtemps. La direction d’Overwatch l’encouragea à continuer son entraînement au sein de la plus grande équipe d’intervention, aux côtés de Tracer et Winston. Ses accomplissements à La Havane et à Singapour permirent à Genji et à ses coéquipiers d’appréhender Doomfist, qui était alors l’un des personnages les plus recherchés par l’organisation. Mais lorsqu’Overwatch tomba en disgrâce, le passé de Genji refit surface, il ne supportait plus de repenser à cette nuit fatidique à Hanamura et à sa vie d’agent d’Overwatch, et pour la deuxième fois, il abandonna son ancienne vie pour errer en quête de sens. Il dériva pendant de nombreuses années avant de rencontrer le moine omniaque Zenyatta. Avec le temps, Zenyatta devint son mentor et, sous sa tutelle, Genji finit par considérer son passé et sa forme cybernétique comme un don et une force unique.

Le chemin des frères Shimada allait de nouveau se croiser à l’occasion de l’anniversaire de la mort de Genji. Au château Shimada, leur ancienne demeure désormais occupée par le clan Hashimoto, Genji révéla à son frère qu’il avait survécu à leur fatidique confrontation. Genji pardonna à son frère, et demanda à Hanzo d’essayer de se pardonner lui-même. Désormais maître de sa propre destinée, Genji choisit de mettre de nouveau ses compétences au service d’Overwatch, pour aider le monde à surmonter la crise aux côtés de ses anciens camarades, et de tous ceux qui avaient rejoint la cause.