Gli Shimada sono una famiglia di antica origine, un clan di assassini il cui potere crebbe negli anni fino alla creazione di un vasto impero criminale basato sul traffico d'armi e di stupefacenti. Come primogenito del capofamiglia, Hanzo doveva succedere a suo padre alla guida dell'impero Shimada. Sin dalla giovane età venne addestrato per questo compito, mostrando una naturale attitudine al comando e un'innata predisposizione per strategie e tattiche. Eccelleva anche in ambiti più pratici, rivelandosi un prodigio nelle arti marziali, nell'uso della spada e dell'arco, essendo stato addestrato dalla maestra di spada Asa Yamagami, madre di Kiriko Kamori.

Alla morte del padre, gli anziani del clan ordinarono ad Hanzo di rimettere in riga suo fratello minore, Genji, affinché anch'egli desse un contributo alla causa dell'impero Shimada. Quando il fratello si rifiutò, Hanzo fu costretto a ucciderlo. Questa tragedia gli spezzò il cuore, spingendolo a rinunciare all'eredità di suo padre e infine ad abbandonare il clan e tutto ciò per cui si era preparato duramente per anni.

Hanzo viaggiò per il mondo perfezionando le sue abilità di guerriero, nel tentativo di riscattare il suo onore e seppellire i fantasmi del passato. La sua missione diede finalmente i suoi frutti molti anni dopo la morte di Genji, quando i due si incontrarono, e scontrarono, nella loro vecchia dimora d'infanzia, il castello degli Shimada, che nel frattempo era stata occupata dal clan Hashimoto. Genji disse a Hanzo di averlo perdonato, pregandolo di perdonarsi a sua volta. Tra i nuovi conflitti scoppiati nella loro amata Hanamura e in tutto il mondo, verrà presto il giorno in cui Hanzo dovrà scegliere da che parte stare, ma fino ad allora nessuno potrà capire quale sarà la sua scelta.